Penelitian ini bertujuan untuk menemukan pengaruh variabel harga dana, harga tenaga kerja, dan total kredit/pembiayaan terhadap keuntungan Bank Perkreditan Rakyat (BPR) dan Bank Pembiayaan Rakyat Syariah (BPRS) serta menemukan perbedaan tingkat efisiensi BPR dan BPRS di Jawa Timur. Jenis penelitian ini adalah penelitian kuantitatif dengan menggunakan data panel dari tahun 2011-2015. Alat analisis yang digunakan dalam penelitian ini adalah analisis regresi linear berganda menggunakan Eviews 9 untuk mengetahui pengaruh dari harga dana, harga tenaga kerja dan total kredit/pembiayaan terhadap keuntungan BPR dan BPRS di Jawa Timur, kemudian menganalisis tingkat efisiensi menggunakan metode Stochastic Frontier Approach (SFA) dengan bantuan software Frontier 4.1. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dalam analisis regresi linear berganda, harga dana, harga tenaga kerja dan total kredit/pembiayaan memiliki pengaruh yang positif dan signifikan terhadap keuntungan BPR dan BPRS di Jawa Timur, sedangkan hasil analisis pada metode SFA harga tenaga kerja pada BPRS tidak memiliki kontribusi yang positif dalam meningkatkan keuntungan BPRS dan hal ini menyebabkan tingkat efisiensi BPRS rendah. Kemudian dalam penentuan tingkat efisiensi, ditemukan perbedaan tingkat efisiensi antara BPR dan BPRS di Jawa Timur yang menunjukkan bahwa BPR lebih efisien apabila dibandingkan dengan BPRS.