Penyelesaian sengketa melalui pengadilan digunakan terhadap gugatan dengan objeknya berupa Keputusan Tata Usaha Negara yang dalam peraturan dasarnya tidak mengisyaratkan adanya penyelesaian sengketa melalui upaya administratif terlebih dahulu, maka dapat digunakan prosedur gugatan langsung ke Pengadilan Tata Usaha Negara. Dalam hal digunakan upaya peradilan, maka segi penilaian Hakim terhadap Keputusan Tata Usaha Negara didasarkan aspek rechmatigheid (aspek legalitasnya) saja.Tahapan menggugat melalui Peradilan Tata Usaha Negara diawali pada saat penggugat berniat memasukkan gugatan di Pengadilan Tata Usaha Negara. Sudah dari awal harus dipikirkan bahwa sebelum secara resmi gugatan tersebut akan diperiksa di persidangan akan ada tiga tahap pemeriksaan pendahuluan atau tahap pra pemeriksaan persidangan yang semuanya saling berkaitan yang harus dilalui, yaitu pemeriksaan administratif kepaniteraan, rapat permusyawaratan (prosedur dismisal), dan pemeriksaaan persiapan dengan spesifikasi kewenangan dan prosedur untuk masing-masing tahap tersebut berbeda-beda. Untuk memaksimalkan kinerja lembaga peradilan Mahkamah Agung mengeluarkan Surat Edaran Mahkamah Agung Nomor 2 Tahun 2014 yang bermaksud memberikan batasan waktu maksimum dalam beracara yaitu selama 5 (lima) bulan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tentang bagaimana penyelesaian putusan perkara di Pengadilan Tata Usaha Negara Yogyakarta serta apa saja faktor yang menghambat penyelesaian perkara di Pengadilan Tata Usaha Negara Yogyakarta. Dalam permasalahan tersebut, penyusun menggunakan metode penelitian hukum empiris, dengan bentuk penelitian evaluatif yang bertujuan untuk menilai pelaksanaan suatu peraturan perundang-undangan dan dilakukan dengan mengadakan penelitian kepustakaan serta penelitian lapangan yaitu peneliti datang langsung ke Pengadilan Tata Usaha Negara Yogyakarta. Adapun dari hasil penelitian ini bahwa Pengadilan Tata Usaha Negara Yogyakarta telah menerapkan sesuai dengan Surat Edaran Mahkamah Agung Nomor 2 Tahun 2014. Perkara kepegawaian yang Penyelesaian perkara Nomor: 01/G/2015/PTUN.Yk. antara Yundarningsih, SN. Spd dengan Kepala Badan Kantor Regional I Yogyakarta dikategorikan telah sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku dimana menurut Surat Edaran Mahkamah Agung Nomor 2 Tahun 2014 bahwa penyelesaian perkara di Pengadilan Tingkat Pertama harus diselesaikan dalam waktu maksimal selama 5 (lima) bulan, sedangkan dalam perkara tersebut penyelesaian dapat diselesaikan dalam jangka waktu selama 4 (empat) bulan. Faktor penghambat dalam penyelesaian perkara tersebut yaitu dari faktor hukum, para pihak dan para hakim itu sendiri.