PBL (Problem Based Learning) adalah pembelajaran yang didasarkan pada paparan masalah yang akan didiskusikan oleh mahasiswa sehingga akan memicu kemampuan analisis mahasiswa dalam mengatasi suatu masalah. Dengan diterapkanya metode pembelajaran PBL ini di FKIK Universitas Muhammadiyah Yogyakarta maka akan dapat memicu pemikiran kritis dari mahasiswanya atau critical thinking. Indikator untuk mengukur critical thinking terdapat 5 aspek yaitu aspek penjelasan sederhana, aspek membangun ketrampilan dasar, aspek menyimpulkan, aspek penjelasan lebih lanjut serta aspek strategi dan taktik. Penelitian ini menggunakan desain penelitian observasional dengan pendekatan cross sectional atau potong lintang. Penelitian ini dilakukan pada bulan Juni 2016. Sampel dari penelitian ini adalah mahasiswa Farmasi UMY angkatan 2013, 2014 dan 2015. Teknik pengambilan sampel yang digunakan adalah stratified random sampling dengan pertimbangan pengambilan sampel terbanyak adalah angkatan yang terpapar PBL paling lama. Hasil penelitian hubungan antara PBL dan critical thinking dengan analisis korelasi pearson menunjukan angkatan 2013 memiliki hubungan yang signifikan pada 3 aspek yaitu aspek penjelasan sederhana dengan nilai r = 0.492, aspek menyimpulkan dengan nilai r = 0.421 dan aspek strategi dan taktik dengan nilai r = 0.478. Angkatan 2014 pada aspek penjelasan sederhana dengan nilai r = 0.565. Angkatan 2015 pada aspek menyimpulkan dengan nilai r = 0.330. Dari hasil penelitian maka dapat disimpulkan bahwa metode pembelajaran PBL berpenngaruh pada critical thinking mahasiswa Farmasi UMY.