Tujuan penelitian ini adalah untuk merancang dan membangun sistem presensi mahasiswa Universitas Muhammadiyah Yogyakarta yang dapat memperbaiki proses presensi, untuk mempersulit kecurangan mahasiswa dalam melakukan presensi dan untuk mendisiplinkan mahasiswa dalam hal administrasi perkuliahan. Penelitian ini bertempat di Universitas Muhammadiyah Yogyakarta, dengan metode pengumpulan data yang digunakan adalah metode observasi dan wawancara. Penelitian ini menganalisis sistem dari sisi arsitektur, pengguna, pembuatan sesi perkuliahan, presensi mahasiswa, dan kebutuhan aplikasi. Rancangan sistem yang digunakan dalam penelitian ini adalah use case diagram, activity diagram, dan rancangan antarmuka pengguna. Pengujian sistem menggunakan metode black box testing dan real testing. Real testing dilakukan dengan melibatkan mahasiswa sebanyak 172 mahasiswa. Hasil pengolahan data menggunakan metode black box dan real testing menunjukkan bahwa persentase (%) keberhasilan aplikasi mencapai 100% (pengujian black box) dan 94% (real testing). Dari hasil pengujian black box testing dan real testing dapat disimpulkan bahwa aplikasi presensi mahasiswa online yang dikembangkan dapat digunakan oleh mahasiswa untuk melakukan presensi menggunakan token.