Penelitian ini bertujuan untuk menjelaskan: 1) Mekanisme pelaksanaan pembiayaan murabahah di BMT Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY) dan BMT Bina Ihsanul Fikri (BIF) Yogyakarta 2) Kesesuain pelaksanaan akad pembiayaan murabahah pada BMT UMY dan BMT BIF Yogyakarta dengan ketentuan Fatwa DSN-MUI No. 04/DSN-MUI/IV/2000. Penelitian ini menggunakan jenis penelitian kualitatif diskriptif. Tempat dan lokasi penelitian berada di BMT UMY dan BMT BIF Yogyakarta pada bulan Februari 2017 sampai Mei 2017. Subjek penelitian adalah manajer, marketing, dan nasabah BMT dan objeknya adalah akad pembiayaan murabahah. Teknik pengumpulan data menggunakan wawancara, dan dokumentasi. Teknik keabsahan data dengan trianggulasi. Teknik analisa data terdiri dari pengumpulan data, reduksi data, sajian data dan kesimpulan. Hasil penelitian ini adalah 1) Prosedur pelaksanaan pembiayaan murabahah di BMT UMY maupun BMT BIF mempunyai kesamaan, dari mulai persyaratan pengajuan pembiayaan hingga analisa kelayakan pembiayaan. Hanya mekanisme pengadaan barang pembiayaan, BMT UMY dan BMT BIF yang memiliki perbedaan. 2) Akad murabahah kedua BMT telah mengikuti ketentuan fatwa yang dikeluarkan DSN MUI, tetapi dalam prakteknya terdapat perbedaan, yaitu BMT UMY menerapkan murabahah murni tanpa wakalah sepenuhnya dan sesuai dengan Fatwa DSN MUI No: 04/DSN-MUI/IV/2000 tentang Murabahah, sedangkan BMT BIF menerapkan murabahah dengan wakalah dalam pembiayaan murabahah sehingga prakteknya belum sesuai dengan fatwa tersebut karena perwakilan dilakukan bersamaan dengan penandatanganan akad murabahah yang mengakibatkan jual beli menjadi gharar.