Latar Belakang: Kurangnya jumlah manajer yang telah dilatih tentang keterampilan manajemen berakibat pada kurang efektifnya sistem manajemen. Secara umum, kompetensi manajemen telah diidentifikasi sebagai kelemahan tersembunyi di berbagai bidang keahlian manajer kesehatan (Hoang Long, 2010). Rumah sakit PKU Muhammadiyah Gamping, sebagai Rumah Sakit yang sedang berupaya mandiri secara manajemen memerlukan pejabat manajemen yang berkompeten dan dapat mengambil keputusan strategis yang dapat memajukan rumah sakit. Para manajer yang kurang memahami kewenangan dan tanggung jawab sebagai pejabat struktural dan kurangnya evaluasi manajerial masih terdapat kendala terkait manajemen dalam proses menuju kemandirian. Metode: Penelitian ini menggunakan metode mixed method dengan pendekatan kuantitatif dan kualitatif. Data yang digunakan adalah data primer, diperoleh dari wawancara dan pemberian kuesioner kepada semua tingkatan manajer. Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2016. Objek penelitian adalah kompetensi seluruh manajer (manajer tingkat puncak, tingkat menengah, dan tingkat bawah) di RS PKU Muhammadiyah Gamping. Hasil dan Pembahasan: Analisis kuesioner dan indepth interview, rata-rata kompetensi manajer puncak, menengah dan bawah berturut-turut mengenai manajemen keuangan 3.20; 3.40; 2.87, manajemen SDI 4.00; 3.75; 4.25, manajemen mutu dan kualitas pelayanan 5.00; 2.67; 3.26, manajemen obat dan peralatan 4.00; 3.00; 3.21, manajemen SIM RS 3.00; 2.75; 2.75, dan keterampilan kepemimpinan 4.33, 3.46, 3.37. Kompetensi manajer RS PKU Muhammadiyah Gamping saat ini berada pada tingkat competent, advance hingga expert. Masih terlihat gap kompetensi, sebagian besar manajer bawah, tengah dan puncak masih belum memenuhi kebutuhan PKU. Kesimpulan: Untuk saat ini susunan struktural Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Gamping masih belum sempurna, masih terdapat pejabat struktural manajerial yang menjabat posisi ganda, Selain itu masih terdapat unit yang belum terbentuk, sehingga beban kerja dari manajer dan unitu yang ada menjadi lebih berat.