Baitul Maal Wat Tamwil (BMT) merupakan lembaga keuangan mikro, yang sistem operasionalnya berlandaskan atas prinsip-prinsip syariah. Karyawan dalam BMT merupakan faktor pendukung untuk pertumbuhan dan kelangsungan hidup BMT karena dalam melakukan suatu aktivitas karyawan bertindak sebagai pelaku utama kegiatan BMT. Penelitian ini bertujuan untuk menguji apakah variabel kompensasi, motivasi, religiusitas, kompetensi, dan sistem pengendalian intern persepsian berpengaruh pada kinerja karyawan bagian pembiayaan pada BMT. Manfaat penelitian ini adalah untuk memberikan bukti gambaran kinerja karyawan di BMT dan mengetahui faktor-faktor apa yang berperan dalam kinerja karyawan BMT. Penelitian ini dilakukan pada BMT yang ada di Kota dan Kabupaten Magelang dengan karyawan bagian pembiayaan sebagai responden penelitian. Sampel dalam penelitian ini berjumlah 39 responden. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa variabel kompensasi, motivasi, dan religiusitas tidak berpengaruh terhadap kinerja karyawan bagian pembiayaan, sedangkan variabel kompetensi dan sistem pengendalian intern persepsian berpengaruh positif terhadap kinerja karyawan bagian pembiayaan pada BMT.