Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis akuntabilitas dan kinerja Badan Amil Zakat (BAZ) di Provinsi D.I. Yogyakarta dengan mengacu pada akuntabilitas publik dan pengukuran kinerja dengan model Balanced Scorecard. Objek penelitian ini adalah beberapa BAZ di D.I. Yogyakarta. Jenis data yang digunakan dalam penelitian ini adalah data sekunder dan data primer. Pengumpulan data dengan kuesioner, wawancara, observasi dan dokumentasi. Hasil dari penelitian ini adalah pengelolaan zakat pada BAZ di D.I. Yogyakarta yang diteliti berdasarkan Balance Scorecard secara umum belum cukup baik. Akuntabilitas di Badan Amil Zakat masih dalam kategori cukup baik. Tidak maksimalnya pengelolaan zakat dan akuntabilitas pada ketiga lembaga tersebut karena terdapat kendala-kendala, seperti kekurangan Sumber Daya Manusia (SDM) dan kurangnya kepercayaan publik pada BAZ untuk mengelola zakatnya.