Dalam persepsi pihak Australia, terutama pada sebagian kalangan militer dan masyarakat Australia, Indonesia merupakan ancaman. Sedangkan pihak Indonesia selalu menyangkal persepsi tersebut dan memandangnya sebagai hal yang mengada-ada. Sementara itu kondisi dalam negeri Australia sendiri dengan berbagai problem, kepentingan, dan kekuatan politik dalam negeri pun berpengaruh terhadap hubungan luar negeri, khususnya dengan Indonesia. Dua hal tersebut pada gilirannya mempengaruhi kebr.yaksanaan politik Australia terhadap Indonesia, termasuk dalam hal Timor Timur. Dua faktor tersebut diperkuat oleh faktor pertimbangan ekonomi, yangjuga ikut mempengaruhi hubungan kedua negara.