Pada system pemerintahan saat ini Struktur Organisasi Perangkat Daerah (SKPD) di tuntut untuk Struktur Organisasi yang mempunyai sedikit struktur kerja akan tetapi memiliki fungsi yang sesuai dengan azaz Efektifitas dan Efisiensi. Dengan adanya Undang-Undang Nomor 13 Tahun 2012 Tentang Keistimewaan Yogyakarta, Yogyakarta mempunyai kewenangan untuk mengatur penataan kelembagaan pemerintah daerahnya sendiri sebagaimana diatur dalam Perda Istimewa DIY Nomor 1 Tahun 2013. Rumusan Masalah dalam penelitian ini adalah 1) Bagaimana Proses Formulasi Kebijakan Pembentukan Kelembagaan Pemerintah DIY berdasarkan Undang-Undang Keistimewaan? 2) Faktor-Faktor apa yang mempengaruhi Proses Formulasi Kebijakan Pembentukan Kelembagaan Pemerintah DIY berdasarkan Undang-Undang Keistimewaan? Adapun dalam penelitian ini mengunakan jenis penelitian deskriptif kualitatif dengan data primer dan data sekunder yang berkaitan dengan Proses Formulasi Kebijakan Pembentukan Kelembagaan Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta. Teknik pengumpulan data dengan metode wawancara dan metode dokementasi, unit analisa dalam penelitian ini para pejabat Bagian Kelembagaan Setda DIY. Dalam melakukan aktifitas Formulasi Kebijakan Pembentukan Kelembagaan berdasarkan Undang-Undang Keistimewaan Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta sudah sesuai dengan tahapan Formulasi Kebijakan. Dalam proses pelaksanaannya terdapat tiga tahapan yang dilaksanakan yaitu :Pertama mengumpulkan dan menganalisa informasi adalah mengumpulkan segala informasi yang dibutuhkan untuk menyusun perdais kelembagaan, kedua mengembangkan alternative kebijakan adalah untuk menyusun dan menyempurnakan rancangan Perdais Kelembagaan, ketiga membangun dukungan dan melakukan negosiasi adalah kegiatan untuk menyempurnakan rancangan Perdais Kelembagaan. Faktor- faktor yang mempengaruhi adalah (1) Adanya pengaruh tekanan dari luar, (2) Adanya pengaruh sifat-sifat pribadi, (3) Adanya pengaruh dari kelompok luar, (4) Adanya pengaruh keadaan masa lalu/kebiasaan lama. Proses formulasi kebijakan yang saat ini berlangsung nantinya bisa menjadi pelajaran dan acuan untuk pelaksanaan formulasi kebijakan selanjutnya untuk mendapatkan formulasi kebijakan yang lebih baik. Untuk mendapatkan suatu formulasi kebijakan yang baik perlu dilakukan kajian yang lebih mendalam agar bisa membentuk formulasi kebijkan yang proporsional sesuai dengan kebutuhan Daerah dan Masyarakat.