Dewasa ini, Lesbian, Gay, Biseksual dan Transgender (LGBT) telah masuk ke dalam berbagai lapisan tatanan masyarakat, bahkan di dalam Pondok Pesantren sekalipun. Tujuan penelitian ini untuk menggambarkan betapa perilaku kecenderungan LGBT telah terjadi di kalangan santri Pondok Pesantren, menjelaskan latar belakang muncul nya perilaku tersebut, mendeskripsikan proses konseling dan Psikoterapi Islam dalam menangani perilaku tersebut, dengan faktor pendukung dan penghambat. Penelitian ini merupakan jenis penelitian kualitatif dengan pendekatan analisis deskriptif. Subjek dalam penelitian ini adalah santri dengan indikasi kecenderungan LGBT (SSA), serta informan kunci, yakni guru BK dan kepala asrama. Teknik yang digunakan untuk pengumpulan data adalah observasi, wawancara mendalam dan dokumentasi. Analisis data penelitian dilaksanakan dengan menggunakan analisis deskriptif. Hasil yang didapat dari penelitian ini adalah perilaku SSA di Pondok Pesantren ICPY terbagi menjadi tiga kategori; aktif, pasif dan campuran. Perilaku SSA pada santri tersebut dilatarbelakangi oleh faktor internal yang berasal pada diri santri maupun faktor eksternal yakni pengaruh lingkungan. Sementara proses konseling dan psikoterapi Islam yang dijalani memiliki tujuan dan tahapan; wawancara awal, proses terapi, dan tindakan. Hasil dari proses tersebut pun menunjukkan adanya perubahan positif pada diri santri. Dan proses tersebut didukung oleh penanganan bagian Tarbiyah, kerjasama tim yang solid serta kegiatan-kegiatan positif di Pesantren. Sedangkan faktor penghambat adalah pendidikan seks yang masih dianggap tabu di dunia pendidikan pesantren, keterpaksaan santri hidup di asrama dan kondisi keluarga santri yang bermasalah.