Tujuan penelitian ditujukan untuk mengetahui apakah ada peningkatan untuk kecerdasan spiritual dan emosional siswa pada mata pelajaran Aqidah kelas VIII C SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta Tahun ajaran 2016/2017 melalui model pembelajaran Contextual Teaching Learning (CTL). Penelitian ini merupakan penelitian tindak kelas (PTK) yang ditempuh dalam dua siklus. Setiap siklus terdiri dari empat tahap yaitu perencanaan, pelaksanaan, pengamatan dan refleksi yang dilaksanakan dalam dua kali pertemuan. Adapun yang menjadi subyek penelitian adalah siswa kelas VIII C SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta Tahun Ajaran 2016/2017 yang berjumlah32 siswa. Instrumen yang digunakan untuk mengukur peningkatan kecerdasan spiritual dan emosional siswa berupa lembar observasi dan instrumen angket. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pembelajaran Contextual Teaching Learning (CTL) dapat meningkatkan kecerdasan spiritual dan emosional siswa. Adapun persentase kecerdasan spiritual dan emosional siswa siklus I SQ sebesar 75.76 meningkat menjadi 80.10 dan EQ sebesar 66.13 meningkat menjadi 73.28, sedangkan nilai rata-rata ketuntasan SQ sebesar 56.67% meningkat menjadi 89.66% dan EQ dari 40% meningkat menjadi 82.76 pada siklus II ini sudah melebihi indikator keberhasilan yaitu 75 %. Hal ini menandakan bahwa pembelajaran dengan menggunakan model CTL dapatmeningkatkan SQ dan EQ siswa. Aktivitas siswa selama pembelajaran berlangsung sudah termasuk dalam kategori baik, dengan nilai rata-rata keaktifan siswa dari siklus I 66.43% meningkat menjadi 82.03%.