Penelitian ini bertujuan untuk menguji dan menganalisis pengaruh kualitas sumber daya manusia dan gaya kepemimpinan terhadap kinerja organisasi dengan perspektif balanced scorecard yang dimediasi kompetensi dan budaya inovasi. Populasi dalam penelitian ini adalah seluruh PTS di kopertis V Yogyakarta yang memiliki minimal 50% program studi terakreditasi sebanyak 30 PTS. Teknik pengambilan sampel adalah dengan purposive sampling. Penelitian ini menggunakan 2 metode analisis data yaitu regresi berganda dan moderated regression analysis (MRA). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa : 1) Kualitas simber daya manusia dan gaya kepemimpinan berpengaruh positif terhadap kinerja organisasi dengan perspektif balanced scorecard. 2) Kualitas sumber daya manusia berpengaruh positif terhadap kinerja organisasi dengan perspektif balanced scorecard yang di mediasi oleh kompetensi. 3) Kualitas sumber daya manusia berpengaruh positif terhadap kinerja organisasi dengan perspektif balanced scorecard yang di mediasi oleh budaya inovasi. 4) Gaya kepemimpinan manusia berpengaruh positif terhadap kinerja organisasi dengan perspektif balanced scorecard yang di mediasi oleh kompetensi. 5) Gaya kepemimpinan berpengaruh positif terhadap kinerja organisasi dengan perspektif balanced scorecard yang di mediasi oleh budaya inovasi.