Latar Belakang: Adanya regulasi fasilitas kesehatan tingkat pertama harus terakreditasi mengakibatkan minat puskesmas untuk meneruskan sertifikasi ISO 9001:2008 menurun.Tujuan: Mengetahui gambaran Implementasi Sistem Mangement Mutu ISO 9001:2008 di Puskesmas wilayah Kabupaten Sleman, kepuasan pelanggan serta persepsi Kepala Puskesmas terhadap implementasi SMM ISO 9001:2008. Metode Penelitian: Penelitian ini merupakan mixed method research, gabungan antara metode penelitian kuantitatif dan kualitatif dengan desain studi cross sectional. Penelitian kuantitatif untuk mengetahui gambaran implementasi SMM ISO 9001:2008. Penelitian kualitatif memperkuat analisis penelitian. Subjek penelitian, sebanyak 25 orang MR puskesmas mengisi kuesioner terkait implementasi SMM ISO 9001:2008. Wawancara mendalam dengan pejabat struktural yang berwewenang dalam penerapan SMM ISO 9001:2008. Hasil dan Pembahasan: Kondisi fisik bangunan 100% sudah sesuai prototipe dari Dinas Kesehatan. Rerata capaian utilitas sarana prasana 71%., aspek sarana 77,2%, komitmen petugas 77,5%, perencanaan & logostik 88%, review dokumen 78,86%, administrasi SMM 74,33%, audit 86,6%, sasaran mutu & kepuasan pelanggan 98,3%. Adanya persepsi dari puskesmas yang menyatakan tujuan dari SMM ISO 9001:2008 dan akreditasi adalah sama untuk menstandarkan sistem pelayanan di puskesmas. Meskipun kepala puskesmas menghendaki menggunakan satu sistem yakni akreditasi namun Dinas Kesehatan sepertinya menginginkan hal yang berbeda. Kesimpulan: Kebijakan reformasi birokrasi SMM ISO 9001:2008 di puskesmas, menjadi alasan kuat untuk merehabilitasi bangunan fisik semua puskesmas. Aspek proses: Manajemen Organisasi di Puskesmas sudah memenuhi 8 klausul persyaratan dalam implementasi SMM ISO 9001:2008. Aspek outcome: Sasaran mutu merupakan indikator keberhasilan, penerapan SMM ISO 9001:2008. SMM ISO meningkatkan kepuasan pelanggan, penerapan SMM ISO 9001:2008 di puskesmas 48% kriteria baik, kriteria kurang sebesar 8%. Adanya perbedaan persepsi Puskesmas dan Dinas Kesehatan.