Latar Belakang: Pola pembayaran yang diterapkan JKN di fasilitas kesehatan lanjutan (rumah sakit) adalah pola pembayaran prospektif . Pola Pembayaran prospektif dikenal dengan Casemix yaitu pengelompokan diagnosis dan prosedur dengan mengacu pada ciri klinis yang mirip/sama dan penggunaan sumber daya/biaya perawatan yang mirip/sama, pengelompokan dilakukan dengan menggunakan software grouper. RSUD Bagas Waras dalam melakukan pengelompokan diagnosis kadang mengalami selisih negatif (rugi) antara biaya riil rumah sakit sesuai tarif dengan biaya paket INA-CBGs yang disetujui oleh BPJS. Tujuan Penelitian: Untuk mengetahui perubahan penyebab berkas Klaim BPJS yang negatif akibat permasalahan koding setelah dilakukan pengendalian mutu koding INA-CBGs di RSUD Bagas Waras Klaten. Metode: Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif dengan desain penelitian tindakan (Action Reseach) (Creswell, 2012). Penelitian ini menggunakan model penelitian tindakan (Action Research) dari S Kemmis and R McTaggart yang yang dirancang melalui dua siklus dengan prosedur: (1) perencanaan (planning), (2) pelaksanaan tindakan (action), (3) pengamatan (observation), (4) refleksi (reflection) dalam tiap-tiap siklus. Instrumen penelitian yang digunakan adalah kuesioner. Analisis data yang di gunakan adalah analisis kualitatif dan analisis kwantitatif. Hasil dan Pembahasan: Hasil penelitian menunjukkan bahwa frekuensi Klaim BPJS mulai dari siklus I,II dan III tidak ada penurunan proporsi klaim yang selisih negative, hal ini di sebabkan karena permasalahan kesalahan Koding, Long Of Stay (LOS) memanjang, biaya tindakan medis yang berlebihan, dan Kelebihan Biaya pemeriksaan penunjang. Dalam meningkatkan kemampuan pengkodingan diagnosis, rumah sakit bagas waras terus berupaya meningkatkan kemampuan nya dalam mengaplikasikan Sistem Informasi Rumah Sakit ( SIRS) Kesimpulan: Penyebab berkas klaim BPJS yang negative setelah dilakukan pengendalian koding INA-CBGs di RSUD Bagas Waras adalah karyawan belum memahami secara keseluruhan sistem koding yang baik dan benar, serta belum berjalan nya sistem monitoring dan evaluasi pengkodingan.