Latar Belakang: Banyaknya pemberitaan melalui media massa dan media sosial maupun aktivitas dari anggota LGBT (Lesbian, Gay, Biseksual dan Transgender) membuat masyarakat sudah tidak asing lagi dengan keberadaan kelompok LGBT. Mahasiswa merupakan bagian masyarakat yang dianggap mempunyai tingkat pendidikan baik, mempunyai keterbukaan dan keberanian berpendapat serta mempunyai wawasan yang luas dalam menganalisis masalah terkait isu-isu mengenai LGBT. Tujuan: Mengetahui hubungan antara tingkat pengetahuan kesehatan reproduksi dengan respon mahasiswa terhadap LGBT (Lesbian, Gay, Biseksual & Transgender) Metode: Desain penelitian ini adalah observasional analitik dengan pendekatan cross sectional. Instrumen yang digunakan untuk mengukur tingkat pengetahuan kesehatan reproduksi, persepsi dan sikap terhadap LGBT adalah kuesioner. Subjek penelitian adalah mahasiswa S1 Universitas Muhammadiyah Yogyakarta angkatan 2013 sampai 2015 yang berjumlah 389 mahasiswa. Analisa data menggunakan korelasi Spearman Rho. Hasil: Berdasarkan uji korelasi Spearman Rho menunjukan bahwa terdapat hubungan antara tingkat pengetahuan kesehatan reproduksi dengan persepsi mahasiswa terhadap LGBT dengan nilai korelasi (r) = - 0,121 dan P = 0,017. Uji korelasi Spearman Rho menunjukan bahwa tidak terdapat hubungan antara tingkat pengetahuan kesehatan reproduksi dengan sikap mahasiswa terhadap LGBT dengan nilai P = 0,798. Uji korelasi Spearman Rho menunjukan bahwa terdapat hubungan antara persepsi dengan sikap mahasiswa terhadap LGBT dengan nilai korelasi (r) = + 0,518 dan P = 0,000. Kesimpulan: Terdapat hubungan antara tingkat pengetahuan kesehatan reproduksi dengan persepsi mahasiswa terhadap LGBT dengan korelasi negatif. Tidak terdapat hubungan antara tingkat pengetahuan kesehatan reproduksi dengan sikap mahasiswa terhadap LGBT. Terdapat hubungan antara persepsi dengan sikap mahasiswa terhadap LGBT dengan korelasi positif.