Tindak pidana desersi merupakan tindak pidana militer murni yang tidak dibenarkan pada kalangan Tentara Nasional Indonesia. Desersi adalah perbuatan anggota Tentara Nasional Indonesia yang meninggalkan dinas tanpa izin terhadap atasannya. Perkara desersi diproses melalui sistem peradilan yang bersifat khusus yaitu peradilan militer. Pertimbangan hakim nantinya akan menentukan berat ringannya putusan terhadap anggota Tentara Nasional Indonesia yang melakukan tindak pidana desersi tersebut. Tujuan Penelitian ini adalah untuk mengetahui penerapan sanksi pidana terhadap anggota Tentara Nasional Indonesia yang melakukan tindak pidana desersi dan untuk mengetahui lebih lanjut mengenai pelaksanaan eksekusi dan penyelesaiannya dalam tindak pidana desersi. Jenis penelitian pada penulisan skripsi ini adalah penelitian normatif, dan metode pendekatan yang digunakan adalah Undang-undang, analitis dan pendekatan kasus dengan spesifikasi penulisan bersifat prespektif. Teknik pengumpulan datanya dilakukan dengan cara wawancara dan studi kepustakaan. Hasil penelitian yang diperoleh dari penulisan skripi ini, bahwa Hakim dalam menerapan sanksi pidana terhadap anggota Tentara Nasional Indonesia yang melakukan tindak pidana desersi harus berdasarkan dakwaan Oditur dengan mengacu pada Pasal 87 sampai dengan Pasal 89 KUHPM tentang “Tindak pidana desersi”, dan semua bukti yang terkumpul dalam persidangan, sedangkan mengenai pelaksanaan eksekusi yang dilakukan oleh Oditur militer terhadap putusan yang berkekuatan hukum yang tetap harus berdasarkan Pasal 254 dan Pasal 256 Undang-undang Nomor 31 Tahun 1997 tentang Peradilan Militer. Berdasarkan hasil penelitian dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa penerapan sanksi pidana terhadap anggota Tentara Nasional Indonesia yang melakukan tindak pidana desersi di Pengadilan Militer II-11 Yogyakarta telah menerapkan sanksi pidana dengan sebagaimana mestinya, hal tersebut dapat dilihat dari penanganan kasus yang ada, dan terhadap pelaksanaan eksekusi yang dilakukan oleh Oditur Militer telah dijalankan sesuai dengan prosedur dan ketentuan yang diberlakukan terhadap kalangan Tentara Nasional Indonesia yang melakukan tindak pidana desersi.