Tujuan akhir penelitian ini adalah terbangunnya masyarakat Yogyakarta yang religius dan harmoni melalui pelembagaan pengelolaan konflik organisasi keagamaan berbasis Islam untuk mencegah terjadinya konflik horizontal antar organisasi Islam melalui serangkaian aktivitas; Melakukan survey indeks konflik antar organisasi keagamaan berbasis Islam, menyusun software indek konflik organisasi keagamaan berbasis Islam di Yogyakarta untuk penyusunan peta konflik organisasi keagamaan berbasis Islam di Yogyakarta, mendesiminasikan software untuk diterapkan di Kantor Kementerian Agama di Propinsi DIY, dan mempublikasikan hasil riset dalam bentuk artikel ilmiah dan draft Buku Pelembagaan Pengelolaan Konflik. Aktivitas yang telah dilakukan semenjak Januari 2016 sampai Februari 2017 adalah melakukan sejumlah FGD untuk penyusunan instrumen riset, pelatihan surveyor, survey, dan FGD dengan tokoh keagamaan berbasis Islam, wawancara tokoh keagamaan, workshop Penyusunan Software Survey Peta Konflik, Pembuatan Software, Bimbingan tehnis Software, penyusunan buku, dan penulisan 4 artikel ilmiah. Dari aktivitas tersebut telah menghasilkan sejumlah luaran berupa Laporan Survey Peta Konflik Organisasi Keagamaan Berbasis Islam di Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta, dan Naskah Artikel Jurnal yang telah dikirimkan ke Jurnal Terakreditasi Nasional, Afkaruna, naskah artikel dalam Prosiding APPTM 2016, Naskah Artikel yang dimuat dalam Prosiding Senanspro 2016, naskah artikel yang sedang disubmit dalam Konferensi Internasional di Hiroshima University, Dummy buku Nalar Harmoni Dalam Islam, Software Dokumentasi Peta Konflik, Penggunaan alokasi pendanaan 2016 sebesar Rp. 187.787,000,- telah terserap sebesar Rp. 182.754.629 atau setara dengan 97,32%.