Pembuatan varietas baru memiliki kelebihan dan kekurangan yang perlu dipertimbangkan dalam pengembangan varietas padi ke depan. Keuntungan yang dimaksud, meliputi ragam varietas padi meningkat, alternatif pilihan varietas yang dapat ditanam petani lebih banyak, memiliki kelebihan dibandingkan varietas yang sudah ada (misal, produktivitas tinggi, lebih tahan hama dan penyakit, rasa relatif lebih enak). Kekurangannya, antara lain proses pembuatan hingga pelepasannya membutuhkan waktu relatif lama, biaya yang dibutuhkan relatif tinggi/mahal, varietas baru umumnya boros hara (menguras hara), harganya relatif mahal, ketersediaan benihnya relatif terbatas, mengakibatkan ketergantungan petani, spektrum daerah tumbuhnya relatif sempit dan sustainabilitasnya belum dikaji lebih lanjut. Oleh karena itu, varietas baru tidak menjamin keberlanjutan usahatani. Permasalahan utama keberlanjutan usahatani yakni ketersediaan benih maka sebaiknya perlu ditumbuhkan kemandirian petani dalam pengembangan (penangkaran) perbenihan dan pemuliaan/pembuataan varietas baru tanaman.