SD Muhammadiyah Condongcatur didirikan oleh Yayasan Persyarikatan Muhammadiyah. Pembinaan dilakukan oleh Majelis Dikdasmen PCM Kecamatan Depok bekerjasama dengan para pakar pendidikan yang tergabung dalam wadah Komite Sekolah. Pada tanggal 14 Mei 1999 berhasil meraih jenjang Status DISAMAKAN berdasarkan SK Kakanwil Diknas DIY No: 018/I.13/PP/Kpts/99. Letak geografisnya disebelah barat Kampus terpadu UPN Veteran Jogjakarta, Jl. Ring- Road Utara, tepatnya di Gorongan Condongcatur Kecamatan Depok Kabupaten Sleman Jogjakarta. Dari tahun ke tahun animo masyarakat yang ingin masuk ke SD Muhammadiyah Condongcatur makin tinggi. Kemudian untuk mengantisipasi hal tersebut, SD Muhammadiyah membuka cabang di SD Muhammadiyah Condongcatur Pusat di Gorongan, SD Muhammadiyah Condongcatur di Kadisoka, SD Muhammadiyah Condongcatur di Pakem Sleman, SD Muhammadiyah Condongcatur di Prambanan. Kurikulum berbasis Kompetensi telah diserap dan diadopsi oleh SD Muhammadiyah Condongcatur sejak mulai dicetuskanya penerapan mini pilot proyek pelaksanaan Kurikulum berbasis Kompetensi tahun 2001, dan salah satu sekolah yang diamanati untuk menerpakan proyek tersebut adalah SD Muhammadiyah Condongcatur. Namun kami tidak semata-mata menerapkannya secara murni, oleh karenanya Kurikulum berbasis Kompetensi tersebut hanyalah bagian dari acuan dalam mengkaji kurikulum yang terbaik. Maka setelah mengkaji ulang kami (SD Muhammadiyah Condongcatur) memutuskan untuk mengembangkan Kurikulum sendiri, yang dinamakan "Kurikulum SD Muhammadiyah Condongcatur yang Berbasis Kompetensi", yakni : hasil dari perpaduan Kurikulum Berbasis Kompetensi, Kurikulum Depdiknas, dan Kurikulum Persyarikatan Muhammadiyah.