Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perencanaan program pembinaan karakter siswa berbasis agama di Madrasah Ibtidaiyah Muhammadiyah Gorontalo, mengetahui pelaksanaan program pembinaan karakter siswa berbasis agama di Madrasah Ibtidaiyah Muhammadiyah Gorontalo, dan mengetahui kendala dari pelaksanaan program pembinaan karakter siswa berbasis agama di Madrasah Ibtidaiyah Muhammadiyah Gorontalo. Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif, dengan mengambil latar Madrasah Ibtidaiyah Muhammadiyah Gorontalo. Pengumpulan data dilakukan dengan menggunakan observasi, wawancara mendalam, dan dokumentasi. Analisis data dilakukan dengan analisis kualitatif. Pemeriksaan keabsahan data dilakukan dengan triangulasi dengan membandingkan data hasil pengamatan dengan data hasil wawancara, dan membandingkan hasil wawancara dengan isi suatu dokumentasi yang berkaitan. Hasil penelitian menunjukkan: 1) Perencanaan program pembinaan karakter berbasis agama di Madrasah Ibtidaiyah Muhammadiyah Gorontalo telah direncanakan dan dirancanng dengan menanamkan nilai-nilai karakter, seperti (a) kejujuran (b) kedisiplinan (c) religius (d) kerjasama (e) tanggung jawab (f) dan percaya diri. 2) Pelaksanaan program-program pembinaan karakter berbasis agama di Madrasah Ibtidaiyah Muhammadiyah Gorontalo dilakukan dengan cara (a) cerita tentang keteladanan di kelas (b) kerja kelompok di kelas (c) bakti sosial (d) kunjungan ke panti asuhan (e) infak setiap hari jumat (f) kantin kejujuran (g) lomba-lomba atau kompetisi yang dilakukan setiap tahun oleh diknas, seperti lomba bercerita, membaca puisi, dan ESQ untuk siswa akhir. 3) Kendala pelaksanaan program pembinaan karakter berbasis agama di Madrasah Ibtidaiyah Gorontalo adalah (a) faktor kendaraan (b) kondisi siswa yang baru mengenal tentang pengetahuan tentang agama (c) beberapa orang tua peserta didik yang kurang akan pengetahuan agama (d) lingkungan tempat tinggal sebagian peserta didik kurang mendukung.