Stroke merupakan penyakit yang sering terjadi di Indonesia yang mengakibatkan kematian serta kecacatan. Sejak diberlakunya era Jaminan Kesehatan Nasional (JKN) dimana semua warga Indonesia akan dijamin kesehatannya melalui suatu sistem asuransi sosial, termasuk penyakit stroke. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui rata-rata biaya pengobatan stroke pasien rawat inap kelass I di Rumah sakit Panembahan Senopati Bantul dan kesesuaian dengan pembiayaan kesehatan berdasarkan Permenkes RI No 69 Tahun 2013. Jenis penelitian adalah observasional dengan perancangan penelitian cross sectional menurut rumah sakit. Metode pengambilan data dilakukan dengan retrospektif yang diambil dari penelusuran dokumen rekam medik pasien stroke dan data biaya pengobatan pasien stroke rawat inap yang memenuhi inklusi dengan kode INA-CBGs di Rumah Sakit Umum Daerah Panembahan Senopati Bantul pada bulan Januari – Juni 2014. Analisis data kesesuaian biaya menggunakan uji statistik t-test dengan jumlah pasien 18 orang sesuai dengan 3 kode INA-CBGs yaitu G-4-15-I, G-4-15-II dan G-4-15-III. Rata-rata pembiayaan terapi pasien stroke kelas I di Rumah Sakit Panembahan Senopati Bantul dengan tingkat keparahan ringan (G-4-15-I) diperoleh rata-rata Rp. 3.906.053 ± 976.613,9, tingkat keparahan sedang (G-4-15-II) diperoleh rata-rata Rp. 6.001.353 ± 1.374.614, tingkat keparahan berat (G-4-15-III) diperoleh rata-rata Rp. 7.228.811 ± 1.288.233, dengan P > 0,05 sehingga tidak terdapat perbedaan yang signifikan secara statistik. Dari hasil tersebut dapat disimpulkan bahwa tidak terdapat perbedaan antara biaya riil pengobatan pasien stroke rawat inap kelas I dengan besarnya pembiayaan kesehatan berdasarkan Permenkes RI No.69 tahun 2013.