Masyarakat Indonesia adalah masyarakat yang majemuk, baik dalam skop nasional maupun daerah. Sebagai mayoritas penduduk Indonesia, umat Islam memiliki peranan yang penting bagi proses integrasi bangsa. Sebagai unsur utama pembentuk konfigurasi umat Islam Indonesia, Muhammadiyah dan NU tentu memiliki peran yang besar bagi proses integrasi bangsa Indonesia. Kenyataannya hubungan Muhammadiyah-NU, sebagaimana hubungan antar kemunitas yang lain, mengalami dinamika, pasang dan surut. Ruang lingkup penelitian ini adalah interaksi, yang meliputi integrasi atau konflik sosial antar komunitas NU dan komunitas Muhammadiyah di dua wilayah: Jepara dan Yogyakarta. Pertanyaan penelitian adalah bagaimana dan mengapa interaksi sosial terjalin antara komunitas NU dan komunitas Muhammadiyah di Jepara dan Yogyakarta? Penelitian ini menemukan data: pertama, integrasi sosial terjalin dengan sangat baik antara NU dan Muhamadiyah di wilayah penelitian. Dari sisi kualitas, integrasi terjalin dalam kualitas rendah 0%, kualitas sedang 51,7% dan kualitas tinggi (48,7%). Kedua, Komunitas NU memiliki kualitas integrasi tinggi (60%) lebih banyak dari pada Muhammadiyah (36,7%). Sementara pada kualitas integrasi sedang, Muhammadiyah (63,3%) lebih banyak dari pada NU (40%). Ketiga, tidak ada hubungan yang signifikan antara kualitas integrasi dengan mayoritas-minoritas, tingkat pendidikan, status sosial ekonomi, keaktifan dalam organisasi sosial keagamaan dan keaktifan dalam partai politik, dalam integrasi antara Muhammadiyah dan NU di Yogyakarta dan Jepara. Karena temuan penelitian ini yang berbeda dengan asumsi (atau mitos) yang umum diyakini sebagai variabel yang berpengaruh dalam integrasi sosial, maka untuk mengetahui variabel realitas betul-betul berhubungan secara signifikan dengan kualitas integrasi diperlukan penelitian lanjut yang lebih mendalam yang seyogyanya dilakukan dengan pendekatan kualitatif.