Malnutrisi akut berat merupakan malnutrisi yang paling serius yang mempengaruhi balita dan merupakan masalah kesehatan utama di negara-negara berkembang. Malnutrisi telah meluas baik di perkotaan maupun pedesaan. Akar permasalahan malnutrisi di negara berkembang salahsatunya adalah faktor sosial demografi. Tujuan penelitian untuk melihat perbedaan kejadian malnutrisi dan determinannya di area perkotaan dan pedesaan di Yogyakarta. Penelitian menggunakan desain potong lintang dengan responden adalah semua balita malnutrisi akut berat di Kabupaten Sleman (23 balita) dan Kota Yogyakarta (33 balita). Analisis data menggunakan statistik deskriptif dan inferensial. Penelitian dilaksanakan pada Bulan Desember 2012 - Februari 2013. Prevalensi balita malnutrisi akut lebih banyak di perkotaan daripada di pedesaan (59% vs, 41%). Determinan kejadian malnutrisi pada kelompok urban dan rural adalah jumlah balita dalam keluarga 1 orang (60.7%), jenis kelamin laki-laki (58,9%), riwayat pemberian ASI tidak eksklusif (60,7%), usia ibu kurang dari 35 tahun (62,5%), pekerjaan non PNS (98,2%), penghasilan orang tua lebih dari UMR (58,9%), tingkat pendidikan ayah dan ibu tinggi (71,4% dan 64,3% ) dan pengasuh balita di rumah adalah ibu (82,1%). Perbedaan yang signifikan (p<0.05) pada variabel pekerjaan dan penghasilan orang tua, tingkat pendidikan orang tua dan pengasuh balita, sedangkan hasil pengukuran antropometri tidak menunjukkan adanya perbedaan. Determinan kejadian malnutrisi pada kelompok urban dan rural adalah jumlah balita dalam keluarga.