Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan bukti empiris berupa pengaruh sistem pengendalian intern dan motivasi kerja terhadap kinerja instansi pemerintah yang dimediasi oleh akuntabilitas publik pada Organisasi Perangkat Daerah Kabupaten Klaten. Penelitian ini dilakukan pada OPD Kabupaten Klaten yang berjumlah 58 OPD yang mana seluruhnya dijadikan sampel. Data yang digunakan dalam penelitian ini merupakan data primer. Teknik pengumpulan data dengan teknik survei, yakni dengan menyebar kuesioner yang akan diberikan langsung kepada responden. Pengujian hipotesis menggunakan analisis regresi berganda dan analisis data dilakukan dengan analisis jalur (path analysis) menggunakan bantuan software SPSS (Statistical Product and Service Solution). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa sistem pengendalian intern dan motivasi kerja berpengaruh positif terhadap kinerja instansi pemerintah OPD Kabupaten Klaten melalui akuntabilitas publik sebagai variabel intervening.