Sejak diberlakukannya undang-undang Otonomi Khusus, sistem pemerintahan provinsi Papua mengalami perubahan dalam hal kelembagaan. Kehadiran lembaga MRP sangat mempengaruhi pelaksanaan Pemerintah Provinsi Papua, terutama pada pembuatan peraturan daerah. Hubungan antara lembaga pemerintah sangat diperlukan dalam setiap aktivitas kelembagaan. Dimana kerjasama yang efektif diperlukan kolaborasi dengan pembagian tugas dan fungsi masing-masing lembaga pemerintah. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui efektifitas hubungan antara lembaga pemerintah dalam pembuatan peraturan daerah khusus (Perdasus) di Provinsi Papua. Penelitian ini menggunakan metode "triangulasi" yang menggabungkan metode kualitatif dan kuantitatif. Penggunaan metode ini untuk menghasilkan gambaran umum tentang fenomena yang akan diteliti. Kesimpulannya adalah efektivitas hubungan antar lembaga dari perspektif pengaturan jaringan menunjukkan bahwa keterlibatan pemerintah daerah cukup efektif. Dimana pemerintah provinsi memperoleh nilai 2,71 (tinggi), DPRP 2,14 (sedang), dan MRP 2,33 (sedang). Komitmen dalam menjalankan tugas dan kewenangan pembuatan peraturan daerah telah dilaksanakan sesuai peraturan perundang-undangan. Pemerintah provinsi memperoleh nilai 2,57 (tinggi), DPRP 2,28 (sedang), dan MRP 2,16 (sedang). Sementara dari perspektif jaringan administrasi organisasi dengan indikator peran, pemerintah provinsi memperoleh nilai 2,42 (tinggi), DPRP 2,28 (sedang), dan MRP 2,5 (tinggi). Nilai ini menunjukkan bahwa ketiga lembaga tersebut merupakan faktor penentu dalam pembuatan peraturan daerah khusus. Indikator pelaksanaan mekanisme, pemerintah provinsi memperoleh nilai 2,85 (tinggi), DPRP 2,42 (tinggi), dan MRP 2,5 (tinggi). Hasil ini menunjukkan bahwa setiap institusi telah menerapkan mekanisme sesuai dengan ketentuan yang mengatur masing-masing institusi dalam pembuatan peraturan daerah.