Efektivitas organisasi rumah sakit, dibutuhkan agar pelayanan kesehatan menjadi akurat, reliabel, efektif, dan efisien, baik pelayanan medis, administrasi pelayanan, maupun pelayanan lainnya yang menjadi wewenangnya. Peningkatan kompetensi pegawai perlu untuk dilakukan oleh manajemen RSU PKU Muhammadiyah Yogyakarta, karena kinerja pelayanan masih belum maksimal. Kepemimpinan manajer yang baik, menjadi salah satu kunci keberhasilan dalam peningkatan kompetensi pegawai. Penelitian menggunakan metode campuran (mixed method), dengan pendekatan the explanatory sequential mixed methods. Subyek penelitian adalah karyawan RSU PKU Muhammadiyah Yogyakarta. Sampel sejumlah 100 responden diambil dengan simple random sampling. Pengumpulan data dilakukan dengan kuesioner dan wawancara. Teknik analisis kuantitatif dilakukan dengan regresi sederhana. Pada pendekatan kualitatif dilakukan dengan teknik analisis deskriptif kualitatif. Hasil penelitian diperoleh: 1) kepemimpinan manajer, termasuk dalam kategori baik: 2) kompetensi karyawan, termasuk dalam kategori baik; 3) ada pengaruh positif dan signifikan kepemimpinan manajer terhadap kompetensi karyawan, dengan pengaruh sebesar 6,0%; 4) Cara kepemimpinan manajer dalam meningkatkan kompetensi karyawan adalah: a) pada menantang proses (challenge the process) dilakukan dengan menantang anak buah melakukan pekerjaan dengan caranya sendiri dan berani melakukan sesuatu walaupun ada risiko gagal, agar karyawan berani bertindak dan berinovasi dalam melakukan pekerjaannya, agar pekerjaan dapat dilakukan secara lebih cepat dan efektif; b) pada memungkinkan orang lain untuk bekerja (enable others to act), dilakukan dengan memberikan kesempatan dan tanggung jawab untuk terlibat dalam pengambilan keputusan sehingga kemampuannya dalam menganalisis dan membuat solusi permasalahan untuk merencanakan tindakan atau program kerja meningkat. Selain itu, dengan memberikan keleluasaan membuat keputusan sendiri dan mendorong kerja sama yang baik rekan kerja, sehingga terjadi transfer pengetahuan yang akan meningkatkan kompetensi karyawan; c) Pada dalam menjadi model dalam cara kerja (model the way), dilakukan dengan memberikan contoh dalam cara kerja, yang dapat diterapkan karyawan agar kompetensinya meningkat.