Latar belakang: Sterilisasi adalah bagian integral dari pelayanan kesehatan dan pengendalian infeksi dirumah sakit. Central Sterile Supply Department (CSSD) merupakan salah satu unit pelayanan penunjang medic di rumah sakit yang menghasilkan produk steril (dapat berupa linen, instrument medik pakai ulang, sarung tangan, dan bahan habis pakai). Linen yang tercemar dapat menghasilkan mikroorganisme pathogen dalam jumlah besar. Secara khusus penanganan linen kotor sangat penting guna mengurangi risiko infeksi nosokomial. Infeksi nosokomial atau yang dikenal sebagai Hospital Acquired Infection adalah infeksi yang khas terjadi atau di dapat dirumah sakit. Infeksi ini dikenal sejak lama. Permasalahan yang terjadi akibat infeksi nosokomial sangatlah kompleks dan dapat menyebabkan kerugian bagi pasien maupun bagi rumah sakit, bahkan dapat mengakibatkan peningkatan angka morbidit dan mortalitas. Metode: Penelitian observasional cross sectional dilakukan pada bulan Junii 2016 – Februari 2017 di Instalasi CSSD RSUD Yogyakarta. Subyek dalam penelitian ini adalah seluruh linen pasca sterilisasi di Instalasi CSSD RSUD Yogyakarta. Jumlah sampel yang akan diuji adalah 30 linen. KEPMENKES RI. NO.1204 / MENKES / SK / X / 2004 tentang persyaratan Kesehatan Lingkungan Rumah Sakit Standar kuman bagi linen bersih setelah keluar dari proses tidak mengandung 6x103 spora spesies bacillus per inci. Hasil: Angka kuman berdasarkan lama penyimpan pada linen di Instalasi Central Sterile Supply Department (CSSD) RSUD Yogyakarta hari ke-3 yaitu 26 CFU/cm2, hari ke-10 yaitu 116 CFU/cm2 dan hari ke-14 yaitu 143 CFU/cm2. Analisa data uji beda menggunakan uji Koefisien korelasi didapatkan nilai Exact Sig (2-sided) yang bernilai 0,00. Hal ini berarti hasil uji bermakna karena (0,041 < 0,05). Kesimpulan: Terdapat perbedaan jumlah angka kuman berdasarkan lama penyimpanan linen hari ke-3, hari ke-10, dan hari ke-14 di instalasi CSSD di RSUD Yogyakarta Angka kuman berdasarkan lama penyimpanan linen di Instalasi (CSSD) RSUD Yogyakarta hari ke-3, 10 dan 14 termasuk dalam kategori standar kuman.