Streptococcus pneumoniae adalah bakteri utama yang menyebabkan Invasive diseases. Invasive Deseases terdiri dari pneumonia, meningitis dan sepsis merupakan penyakit yang infeksi yang angka komorbiditas dan mortalitas tinggi pada anak-anak. Kejadian penyakit tersebut terus meningkat setiap tahunnya menurut latar belakang genetik, lokasi geografi, dan status sosial ekonomi. Dengan bertambahnya angka kejadian invasive disease setiap tahun, maka bertambah pula beban ekonomi yang dikeluarkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui biaya pengobatan invasive diseases yang meliputi direct medical cost, direct non medical cost, dan indirect cost, serta perbandingan direct medical cost dengan tarif INA-CBGs berdasarkan Permenkes RI Nomor 64 tahun 2016 pada pasien anak di rumah sakit PKU Muhammadiyah Bantul. Jenis penelitian adalah observasional dengan rancangan penelitian cross sectional menurut perspektif sosietal dan provider. Metode pengambilan data dilakukan secara prospektif dengan melakukan wawancara menggunakan kuesioner kepada orang tua pasien, serta melakukan penelusuran dokumen rekam medik dan data biaya pengobatan pasien invasive diseases rawat inap yang memenuhi inklusi, di Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Bantul pada bulan September 2017 – Februari 2018. Analisis data menggunakan metode analisis statistik deskriptif dengan jumlah pasien sebanyak 40 orang pneumonia dan 1 sepsis, sedangkan perbandingan direct medical cost dengan tarif INA-CBGs berdasarkan Permenkes RI Nomor 64 tahun 2016 menggunakan uji statistik independent t-test. Jumlah pneumonia 20 pasien dengan kode INA-CBGs J-4-16-I, 2 pasien pneumonia dengan kode INA-CBGs J-4-16-II dan 1 pasien sepsis sesuai dengan kode A-4-10-I. Besarnya cost of illness pasien invasive disease yang meliputi direct medical cost, direct non medical cost, indirect cost adalah Rp139.372.494, dengan rata-rata pasien pneumonia Rp3.938.493 dan rata-rata pasien sepsis Rp2.864.950. Komponen terbesar terletak pada direct medical cost. Untuk perbandingan dengan tarif INA-CBGs, analisis yang diperoleh p value 0,001 untuk pasien pneumonia. Dapat disimpulkan bahwa direct medical cost dan tarif INA-CBGs memiliki perbedaan yang signifikan dengan tarif INA-CBGs lebih besar dari biaya rill.