Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan tingkat pemahaman konsep siswa pada pelajaran Al Islam antara metode guided discovery learning dengan metode konvensional (ceramah). Penelitian ini merupakan penelitian kuantitatif dengan metode quasi-experimental. Sampel penelitian ini adalah siswa kelas V SD Muhammadiyah 3 Ambarketawang Gamping Sleman. Metode pengumpulan data menggunakan tes. Teknik analisis data menggunakan uji Mann Whitney dan juga uji-T. Hasil penelitian menunjukkan bahwa (1) Tingkat pemahaman konsep siswa pada pembelajaran Al Islam dengan menggunakan metode guided discovery learning (kelas eksperimen) mempunyai nilai rata-rata sebesar 40,68; (2) Tingkat pemahaman konsep siswa pada pembelajaran Al Islam dengan menggunakan metode konvensional (kelas kontrol) mempunyai nilai rata-rata sebesar 20,32; (3) Berdasarkan hasil analisis dengan uji Mann Whitney diperoleh nilai signifikansi (p-value) sebesar 0,000 < 0,05. Hal ini berarti rata-rata tingkat pemahaman konsep siswa kelas eksperimen lebih tinggi daripada tingkat pemahaman konsep siswa kelas kontrol.