Latar Belakang : Insiden Keselamatan Pasien (IKP) di layanan primer masih tinggi. Dilaporkan terdapat 2-3 IKP per 100 kunjungan rawat jalan. Akreditasi Pusat Kesehatan Masyarakat (Puskesmas) sebagai salah satu layanan primer di Indonesia mulai dilaksanakan pada tahun 2015. Akreditasi ini bertujuan sebagai pembinaan peningkatan mutu pelayanan dan keselamatan pasien. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui perbedaaan IKP pada Puskesmas yang terakreditasi dan belum terakreditasi di Yogyakarta. Metode : Penelitian ini merupakan penelitian kuantitatif dengan pendekatan crossectional. Responden penelitian sejumlah 124 tenaga medis, yang terdiri dari Dokter, Perawat, Bidan, Petugas Laboratorium, dan Petugas Apotek dari 6 Puskesmas. Responden mengisi kuesioner tentang indikator keselamatan pasien yang dialami dalam 1 bulan terakhir. Hasil dan Pembahasan : Secara keseluruhan, IKP pada Puskesmas yang belum terakreditasi terjadi lebih banyak daripada Puskesmas yang sudah terakreditasi dengan perbedaan yang signifikan (CI 95% p=0.001). IKP yang menunjukkan perbedaan bermakna pada profesi dokter adalah Kekurangan waktu dengan pasien (CI 95% p=0.05), pada profesi perawat adalah Pemberian obat (CI 95%, p=0.018) dan penanganan terapeutik (CI 95%, p=0.036) serta pada profesi bidan adalah penyampaian pesan kepada pasien (CI 95%, p=0.025) dan dokumentasi (CI 95%, p=0.013). Selain itu, di Puskesmas yang belum terakreditasi pada profesi dokter yaitu pada indikator kekurangan waktu dengan pasien dan persetujuan pasien serta pada profesi bidan pada indikator penanganan selama perjalanan merujuk dan penyampaian pesan kepada pasien mengakibatkan minor harm pada pasien. Simpulan dan Saran : Akreditasi Puskesmas terbukti mampu menurunkan IKP. Namun, Puskesmas juga diharapkan lebih aktif untuk mengadakan kegiatan untuk mengevaluasi kegiatan pelaksanaan keselamatan pasien di Puskesmas.