Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji pengaruh berbagai metode aplikasi dan bentuk inokulum pada pertumbuhan dan hasil tanaman kedelai yang diinokulasi Rhizobacteri indigenous Merapi pada kondisi cekaman kekeringan, menentukan metode aplikasi dan bentuk inokulum Rhizobacteri indigenous Merapi yang terbaik pada pertumbuhan dan hasil tanaman kedelai dalam kondisi cekaman kekeringan. Penelitian ini telah dilaksanakan di Laboratorium Agrobioteknologi dan Green House Fakultas Pertanian Universitas Muhammadiyah Yogyakarta pada Bulan Desember 2017 sampai Juni 2018. Penelitian disusun dalam rancangan acak lengkap faktorial dengan faktor pertama adalah metode aplikasi inokulum yang terdiri dari 3 aras yaitu tanpa inokulum; aplikasi inokulum Rhizobacteri indigenous Merapi MB+MD dalam media padat lembab pada benih; dan aplikasi inokulum Rhizobacteri indigenous Merapi media cair rendam benih. Faktor kedua adalah kadar lengas yang terdiri dari 3 aras yaitu kadar lengas 40%; kadar lengas 60%; dan kadar lengas 80%. Pengamatan dilakukan terhadap dinamika populasi Rhizobacteri indigenous Merapi, nodulasi, pertumbuhan perakaran kedelai, pertumbuhan tanaman kedelai dan komponen hasil Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa ada saling pengaruh antara aplikasi inokulum Rhizobacteri indigenous Merapi pada benih dengan kadar lengas tanah pada parameter panjang akar dan bobot kering tajuk kedelai Detam-1 pada minggu ke-6. Aplikasi inokulum Rhizobacteri indigenous Merapi pada benih tidak memberi pengaruh secara nyata terhadap pertumbuhan dan hasil kedelai Detam-1, kecuali parameter bobot kering akar pada aplikasi inokulum dalam bentuk cair dan padat memberi hasil lebih tinggi dibandingkan tanpa aplikasi inokulum. Media tanam dengan kadar lengas 80% memberikan pertumbuhan dan hasil tanaman kedelai Detam-1 lebih tinggi dibandingkan kadar lengas 60% dan 40%. Kadar lengas 80% memberikan hasil kedelai Detam-1 sebesar 1,03 ton/ha.