Tujuan penelitian ini adalah untuk mengenalisa seberapa besar pengaruh kecerdasan emosional, kecerdasan spiritual dan motivasi berprestasi terhadap kemandirian santriwan dan santriwati Pondok Pesantren Modern Muhammadiyah Boarding school Prambanan Yogyakarta baik secara parsial maupun kolektif. Penelitian ini berjenis penelitian lapangan (field research) dengan menggunakan pendekatan kuantitatif (quantitative research) dan bersifat korelasional. Populasinya seluruh santriwan dan santriwati Pondok Pesantren Modern Muhammadiyah Boarding school Prambanan Yogyakarta. Melibatkan 30% (255) sampel dari santriwan dan santriwati kelas II, IV dan V. Teknik pengumpulan data menggunakan kuisioner angket, wawancara, observasi dan dokumentasi. Berdasarkan hasil penelitian yang penulis lakukan dalam penelitian ini, maka dapat disimpulkan bahwa terdapat pengaruh yang sangat signifikan antara kecerdasan emosional, kecerdasan spiritual dan motivasi berprestasi terhadap kemandirian santriwan dan santriwati Pondok Pesantren Modern Muhammadiyah Boarding school Prambanan Yogyakarta baik secara parsial maupun kolektif dengan besaran signifikan masing-masing (1) pengaruh kecerdasan emosional terhadap kemandirian santriwan sebesar 41,3% dan santriwati sebesar 33,9%. Artinya, pengaruh kecerdasan emosional terhadap kemandirian santriwan terkategori sedang dan santriwati terkategori rendah. (2) pengaruh kecerdasan spiritual terhadap kemandirian santriwan sebesar 34,3% dan santriwati sebesar 25,5%. Artinya, pengaruh kecerdasan spiritual terhadap kemandirian santriwan dan santriwati terkategori rendah. (3) pengaruh motivasi berprestasi terhadap kemandirian santriwan sebesar 64,3% santriwati sebesar 50,9%. Artinya, pengaruh motivasi berprestasi terhadap kemandirian santriwan dan santriwati terkategori sedang. (4) pengaruh kecerdasan emosional, kecerdasan spiritual dan motivasi berprestasi terhadap kemandirian santriwan sebesar 67,8% dan santriwati sebesar 55,9%. Artinya, pengaruh ketiga variabel independent terhadap kemandirian santriwan dan santriwati terkategori sedang. Adapun variabel yang memiliki pengaruh paling besar adalah motivasi berprestasi. Maka dapat disimpulkan hubungan kecerdasan emosional, kecerdasan spiritual dan motivasi berprestasi dengan kemandirian merupakan hubungan sebab akibat.