Tujuan dari penelitian ini yaitu: (1) Untuk menggambarkan bagaimana penerapan pendekatan pembelajaran saintifik pada pelajaran Pendidikan Agama Islam (PAI) di SD Muhammadiyah Sapen; (2) Untuk menggambarkan bagaimana penerapan penilaian autentik pada pelajaran Pendidikan Agama Islam (PAI) di SD Muhammadiyah Sapen; (3) Untuk mengetahui apakah pendekatan pembelajaran saintifik dan penilaian autentik dapat meningkatkan mutu pembelajaran Pendidikan Agama Islam (PAI) di SD Muhammadiyah Sapen. Jenis penelitian yang penulis gunakan di sini adalah penelitian evaluatif program dengan pendekatan penelitian kualitatif. Adapaun lokasi yang peneliti pilih adalah di SD Muhammadiyah Sapen Yogyakarta. Teknik pengumpulan data, penulis menggunakan wawancara mendalam dan dokumentasi. Berdasarkan hasil penelitian yang penulis lakukan dalam penelitian ini dapat penulis simpilkan: (1) Dalam proses pembelajaran saintifik perangkat administrasi yang dimiliki guru belum memadai karena kelengkapan administrasi yang dimiliki guru masih mengacu pada kurikulum KTSP. Dalam proses pengajaran guru PAI belum sepenuhnya memperhatikan langkah-langkah dalam pembelajaran saintifik yang meliputi pengamatan, menanya, mencoba, menalar dan mengkomunikasikan. (2) Dalam proses penilaian autentik guru masih mengalami kesulitan karena dalam satu pelajaran guru PAI harus membuat penilaian mulai dari penilaian KI 1 dan KI 2 dalam penilaian KI 1 dan KI 2 meliputi penilaian diri, penilaian antar teman, dan observasi guru. Penilaian KI 3 meliputi penilaian proses, nilai ulangan harian, nilai ulangan tengah semseter dan nilai akhir semester dan penilaian KI 4 ada penilaian portofolio dan penilaian proyek. Untuk satu pelajaran guru PAI harus menilai 11 item penilaian jika dikali 5 pelajaran PAI maka masing-masing guru PAI harus menilai 55 item penilaian. (3) Walaupun masih ada banyak kekurangan mulai dari kesiapak guru, administrasi, dan bahan ajar serta proses penilaian, peningkatan kualitas pembelajran PAI di SD Muhammadiyah Sapen mengalami peningkatan, mulai dari peningkatan prosesnya yaitu usaha guru PAI SD Muhammadiyah Sapen untuk kreatif membuat administrasi yang disesuaikan dengan kurikulum 2013 dan hasil akhir berupai nilai yang diperoleh siswa menunjukan adanya peningkatan dari semester I ke semester II.