Penentuan pejabat struktural setiap daerah mempunyai dinamika yang berbeda-beda, salah satunya adalah penentuan pejabat struktural di Daerah Istimewa Yogyakarta. Dimana Yogyakarta adalah satu-satunya provinsi yang mempunyai gubernur bukan berasal dari partai politik, hal inilah yang menjadikan dinamika penentuan pejabat struktural di Daerah Istimewa Yogyakrta dengan daerah lain berbeda. Dalam pelaksanaan penentuan pejabat struktural sangat rentan sekali terhadap factor-faktor politik ataupun factor patronage. Maka dari itu perlu pembenahan pada pelaksanaan proses rekruitmen pejabat struktural eselon II. Dengan adanya pembenahan system rekruitmen maka diharapkan pejabat struktural eselon II merupakan orang-orang pilihan yang mempunyai kompetensi dan integritas dalam menjalankan tugas. Dengan begitu maka akan tercipta pelayanan kepada masyarakat dengan baik karena penempatan pejabat struktural sesuai dengan kompetensi dan integritas masing-masing organisasi. Maka penggunaan metode merit system sangatlah tepat untuk proses rekuitmen pejabat struktural eselon II, sedangakan faktor yang bisa mempengaruhi penentuan pejabat struktural adalah faktor kompetensi, faktor prestasi kerja dan faktor penilaian secara objektif. Sedangkan untuk faktor kepentingan, faktor politik dan patronase tidak menjadi faktor penentu dalam pelaksanaan penentuan pejabat struktural di lingkungan Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta. Dengan begitu menandakan bahwasannya pelaksnaan penentuan jabatan struktural di lingkungan pemerintah daerah istimewaa Yogyakarta sudah menggunakan merit system sehingga pejabat yang terpilih merupakan pejabat yang mempunyai kompetensi dan integritas untuk kepentingan public dan pelayanan public.