Efisiensi adalah salah satu parameter untuk mengukur kinerja keuangan koperasi syariah, termasuk Baitul Maal Wa Tamwil (BMT) dalam beroperasi mengelola input dan output. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi nilai efisiensi koperasi syariah (BMT) di Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) menggunakan metode Data Analysis Envelopment (DEA) dan model Variable Return to Scale (VRS) dengan pendekatan intermediasi berorientasi output pada tahun 2016 sampai dengan tahun 2017. Penelitian ini menggunakan data sekunder yang diperoleh dari laporan keuangan 16 BMT di Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) yang berasal dari Dinas Koperasi dan UMKM Provinsi DIY. Berdasarkan hasil perhitungan DEA, pada tahun 2016 terdapat 3 BMT yang efisien dan pada tahun 2017 terdapat 3 BMT yang efisien. Terdapat tiga BMT yang konsisten memiliki kinerja keuangan yang efisien dari tahun 2016 sampai dengan tahun 2017. Variabel dengan potensi pengembangan terbesar yaitu variabel pendapatan operasional lainnya sebesar 224.94% - 430.01%, kemudian pembiyaan sebesar 7.15% - 90.50%, DPK -2.93% - 8.17%, dan biaya operasional sebesar -65.56% sampai dengan -60.83%