Latar belakang : Tuntutan masyarakat terhadap profesionalisme pelayanan kesehatan serta pengelolaan keuangan yang transparan dan akuntabel membuat sebagian puskesmas di lingkungan dinas kesehatan kabupaten Semarang berubah status menjadi puskesmas BLUD. Penyelenggaraan puskesmas BLUD dan non BLUD memerlukan sumber daya yang dapat bekerja dengan baik agar dapat memenuhi harapan masyarakat. Sehingga perlu diketahui motivasi kerja dan kepuasan kerja pegawai puskesmas BLUD dan non BLUD yang akan berdampak terhadap pelayanan kepada masyarakat. Metode Penelitian : Jenis penelitian ini adalah deskriptif komparatif dengan pendekatan kuantitatif. Metode pengumpulan data melalui survei dengan membagikan kuesioner. Obyek pada penelitian ini adalah motivasi kerja dan kepuasan kerja pegawai puskesmas BLUD dan non BLUD kabupaten Semarang. Hasil penelitian : Nilai Sig. (P-value) variabel motivasi kerja sebesar 0,019 lebih kecil dari nilai α (0,05) hal ini menunjukan bahwa ada perbedaan motivasi kerja pegawai puskesmas BLUD dan non BLUD. Nilai Sig. (P-value) variabel kepuasan kerja sebesar 0,20 lebih kecil dari nilai α (0,05) hal ini menunjukan bahwa ada perbedaan kepuasan kerja pegawai puskesmas BLUD dan non BLUD. Rata-rata motivasi pegawai non BLUD sebesar 76,59 lebih kecil dari rata-rata pegawai BLUD sebesar 78,25. Rata-rata kepuasan kerja pegawai BLUD sebesar 129,20 lebih besar dari rata-rata pegawai non BLUD sebesar 124,26. Kesimpulan : Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan terdapat perbedaan motivasi kerja dan kepuasan kerja pegawai puskesmas BLUD dan non BLUD. Kepuasan kerja pegawai puskesmas BLUD lebih tinggi daripada pegawai puskesmas non BLUD.