Blok Farmasi Klinik merupakan blok kedua pada semester pertama dari kurikulum blok PBL Program Studi Profesi Apoteker Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UMY. Blok Farmasi Klinik berisikan materi mengenai Pelayanan Kefarmasian yang dilakukan dalam farmasi klinik meliputi Farmakoterapi Terapan pada berbagai kondisi pasien, penelusuran evidence-based medicine hingga pelayanan informasi obat kepada pasien. Terdapat beberapa bentuk kegiatan pembelajaran di dalam blok ini yaitu small group discussion (tutorial), perkuliahan pakar serta praktikum ketrampilan farmasi. Blok Farmasi Klinik diberikan untuk mempersiapkan para calon apoteker dalam praktek asuhan kefarmasian yang merupakan aplikasi dari kegiatan Farmasi Klinik. Kompetensi farmasi klinik para mahasiswa kemudian akan ditunjang dengan Praktek Kerja Profesi Apoteker (PKPA) khususnya di rumah sakit.