Tesis ini meneliti tentang analisis kesenjangan untuk mengetahui kualitas pelayanan RSU PKU Muhammadiyah di Daerah Istimewa Yogyakarta. Adapun masalah yang diteliti adalah kesenjangan antara kualitas pelayanan yang diharapkan pasien dengan kualitas pelayanan yang sesungguhnya diterima dan pengaruh kelima dimensi kualitas pelayanan terhadap kepuasan pelanggan di rumah sakit. Penelitian ini merupakan kuantitatif dengan rancangan cross sectional. Dalam mengumpulkan data digunakan teknik kuesioner. Penyebaran kuesioner dilakukan di RSU PKU Muhammadiyah Unit I Kota Yogyakarta, RSU PKU Muhammadiyah Unit II Gamping dan RSU PKU Muhammadiyah Bantul. Total responden penelitian adalah 135 pasien, 120 karyawan dan 120 pihak manajemen rumah sakit. Penentuan responden dilakukan dengan teknik purposive sampling dan convenience sampling. Dari penelitian yang dilakukan diketahui ada kesenjangan yang terjadi pada kualitas pelayanan yang diharapkan pasien dengan kualitas pelayanan yang sesungguhnya diterima di rumah sakit. Terdapat perbedaan yang signifikan antara harapan pasien dan persepsi pasien atas kualitas pelayanan yang dirasakan di rumah sakit, yaitu pada dimensi Tangible (t=8,181; p< 0,000), dimensi Reliability (t=12,355; p< 0,000), dimensi Responsiveness (t= 9,453; p< 0,000), dimensi Assurance (t= 9,796; p< 0,000), dan dimensi Emphaty (t= 13,940; p< 0,000). Hal ini menunjukkan bahwa harapan pasien pada umumnya lebih tinggi dibanding persepsi pasien atas kualitas pelayanan yang diterima di rumah sakit. Ada pengaruh kelima dimensi kualitas pelayanan secara signifikan terhadap kualitas pelayanan kesehatan di rumah sakit yang dibuktikan dengan uji statistik uji t pada. Dimensi tangible, reability, responsiveness, assurance dan emphaty berperan penting sebagai komponen kualitas pelayaan yang dapat memuaskan konsumen atau pasien. Dari persamaan regresi diperoleh R2 adalah 0,717. Hal ini menunjukkan bahwa 71,7% variasi kepuasan pasien pada rumah sakit dijelaskan oleh kelima dimensi kualitas pelayanan.