Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui kedudukan putusan Mahkamah Agung dalam sistem hukum pertanahan di Daerah Istimewa Yogyakarta dan mengetahui faktor-faktor yang menjadi pertimbangan majelis hakim dalam menolak gugatan. Metode penelitian menggunakan metode hukum normatif. Sumber data terdiri dari data primer yaitu hukum primer, sekunder dan tersier. Metode pengumpulan data melalui studi kepustakaan, kemudian dianalisis secara kualitatif. Berdasarkan hasil penelitian menunjukkan bahwa faktor yang menjadi pertimbangan Majelis Hakim dalam menolak gugatan pada Putusan Mahkamah Agung Nomor 13 P/HUM/2015 yaitu Majelis Hakim dalam pertimbangannya telah memuat adanya analisis yuridis terhadap fakta-fakta yang diajukan oleh pemohon. Akibat hukum dari Putusan Mahkamah Agung Nomor 13 P/HUM/2015 dalam perkara permohonan hak uji materiil terhadap Instruksi Wakil Kepala Daerah DIY Nomor K.898/I/A/1975 yaitu Putusan Mahkamah Agung Nomor 13 P/HUM/2015 mengakibatkan pertentangan Asas Hukum dan kejelasan Instruksi Wakil Kepala Daerah DIY Nomor K.898/I/A/1975 sebagai peraturan perundang-undangan.