Artikel ini menjelaskan tentang interaksi antar organisasi keagamaan berbasis Islam dalam era demokratisasi, yang memungkinkan terjadinya kontestasi dalam bentuk perdebatan pemikiran keagamaan secara terbuka, maupun kontestasi dalam memperebutkan akses ekonomi, social, politik dan budaya dalam masyarakat. Studi penelitian dari artikel ini dilakukan di Yogyakarta, yang selama ini telah terkonstruksi sebagai kota pendidikan, budaya dan kota toleransi. Untuk mendapatkan obyektifikasi dalam melihat relasi demokratisasi dengan timbulnya konflik di antara organisasi keagamaan berbasis Islam, dilakukan melalui wawancara mendalam terhadap 23 tokoh kunci organisasi keagamaan berbasis islam, dan survey di 27 kecamatan di Yogyakarta. Artikel ini mempergunakan analisis SAT (structural, akselerator dan trigger), untuk membaca peta konflik antar organisasi keagamaan berbasis Islam. Konflik antara organisasi keagamaan berbasis Islam di daerah agraris cenderung disebabkan oleh khilafiah dalam mempraktikan ajaran Islam dalam lapangan peribadahan, sedangkan konflik di daerah urban lebih disebabkan oleh perebuatan akses politik, social dan ekonomi.