Ilmu pada hakikatnya bersumber dari Allah SWT. Dalam pemahamannya saat ini, dalam post-modern dimana ilmu telah dikotomis, diperlukan integrasi pemahaman Al Qur’an ke dalam ilmu-ilmu umum seperti sains, ekonomi, hukum, kedokteran, politik, Pendidikan dan lain sebagainya. Hubungan antara Al-Qur’an dan sains ibarat dua sisi mata uang yang tidak dapat dipisahkan. Al-Qur`an menghormati kedudukan ilmu dengan penghormatan yang tidak ditemukan bandingannya dalam kitab kitab suci yang lain. Al-Qur`an memyebutkan ratusan ayat yang berkaitan dengan ilmu pengetahuan dan sains yang merupakan salah satu isi pokok kandungan kitab suci Al-Qur’an. Muhammadiyah memulai gerakan dakwahnya dengan Gerakan pendidikan yang sejak awal telah mengenalkan bahwa ayat-ayat Allah SWT itu ada dua macam. Yaitu, ayat qauliyah dan ayat kauniyah. Ayat qauliyah adalah ilmu Allah SWT dalam bentuk wahyu-Nya yang terdapat dalam Al-Qur`an dan As-Sunnah, sebagaimana yang difirmankan Allah SWT dalam Q.S. Asy-Syura [42] ayat 51. Adapun ayat kauniyah adalah ilmu Allah SWT yang berwujud alam semesta dengan seluruh hukum-hukum yang menyertainya, sebagaimana firman Allah SWT dalam Q.S. Ar-Ra’d [13] ayat 3-4. Perguruan Tinggi Muhammadiyah sedari awalnya sebagai institusi pendidikan memiliki tujuan akhir pendidikan dalam Islam ialah menghasilkan manusia yang baik, dan bukan x Pendekatan Qur’ani dalam Ilmu Pengetahuan seperti dalam peradaban barat; yakni hanya warga negara yang baik. Oleh karena itu diperlukan langkah yang secara epistemologis menginjeksi kembali nilai-nilai tauhid dan adab dalam bidang ilmu pengetahuan. Walaupun dengan pendekatan yang berbeda, namun keduanya sama-sama memiliki semangat untuk melakukan proyek besar bersama. Perlunya dilakukan Islamization of Knowledge di dalam sistem pendidikan yang ada di negara-negara Muslim agar pendidikan itu mencerahkan manusia. Para ilmuwan telah bangun dari tidur panjang dan telah mengubah teori-teori mereka berkali-kali. Semua itu dilakukan dalam rangka menyelaraskan hasil penelitian mereka dangan fakta yang terungkap dalam Al-Qur’an dan hadits Rasulullah SAW.