Manajemen kinerja perguruan tinggi menjadi hal yang penting dalam peningkatan tata kelola perguruan tinggi yang baik. Adapun manajemen perguruan tinggi yang perlu diperhatikan adalah pusat pertanggungjawaban perguruan tinggi, pengukuran kinerja keuangan dan non keuangan, bagaimana pembobotan kinerja perguruan tinggi serta audit kinerja dan pelaporan kinerja perguruan tinggi.