Diagnosis TB dilakukan berdasarkan anamnesis, pemeriksaan fisik, pemeriksaan penunjang foto thorax, mikroskopik sputum BTA, tes tuberkulin, serologi dan pemeriksaan kultur M. tuberculosis. Pemeriksaan mikroskopis sputum BTA memiliki keterbatasan nilai diagnostik karena hasil positif memerlukan minimal 5000 bakteri per ml sputum dan minimal 50-100 bakteri per ml sputum sebagai diagnosis pasti. Penelitian bertujuan mengetahui nilai diagnostik hasil pemeriksaan mikroskopis sputum BTA pada pasien klinis tuberkulosis paru. Penelitian uji diagnostik menentukan sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan mikroskopik sputum BTA dengan gold standar kultur M. tuberculosis. Subyek penelitian penderita klinis TB paru di Poliklinik rawat jalan RS PKU Muhammadiyah Yogyakarta dilakukan pemeriksaan mikroskopis sputum BTA dan Kultur M. tuberculosis. Subyek penelitian 100 pasien klinis TB paru menunjukkan pemeriksaan mikroskopis sputum BTA hasil positif sebanyak 10 % dan hasil negatif sebanyak 90 %. Hasil pemeriksaan kultur sputum M. tuberculosis positif sebanyak 14 % dan kultur negatif sebanyak 86 %. Hasil sensitivitas dan spesifisitas pemeriksaan mikroskopis sputum BTA pada pasien klinis TB paru berturut-turut 42,8% dan 95,3%. Pemeriksaan mikroskopis sputum BTA yang positif memiliki nilai diagnostik yang tinggi sebagai penunjang diagnosis pasien klinis tuberkulosis paru, akan tetapi hasil pemeriksaan mikroskopis sputum BTA yang negatif belum bisa menyingkirkan diagnosis TB paru