Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui mengenai pelaksanaan pembinaan keagamaan yang terdapat pada kelompok waria. Dewasa ini, seperti yang kita ketahui bahwa perilaku waria seringkali menyimpang dari norma masyarakat dan ajaran Islam. Oleh karena itu, agar waria dapat meninggalkan perilaku buruk yang sering ditampakkan dihadapan masyarakat, maka perlu adanya sebuah pembinaan keagamaan bagi waria. Pondok Pesantren Waria Al Fatah Yogyakarta adalah satusatunya Pondok Pesantren yang dikhususkan bagi waria dengan mengadakan kegiatan sebuah pembinaan keagamaan bagi waria. Pembinaan keagamaan bagi waria dilakukan agar waria menjadi manusia yang lebih baik dan memiliki kehidupan terarah. Penelitian ini menggunakan pendekatan deskriptif kualitatif. Pengumpulan data dilakukan melalui observasi, wawancara dan dokumentasi. Analisis data dengan cara pengumpulan data, reduksi data, penyajian data dan kesimpulan. Hasil dari penelitian menunjukkan, pembinaan keagamaan bagi waria dilaksanakan rutin seminggu sekali pada hari minggu, sebulan sekali pada minggu ketiga dan setahun sekali pada hari-hari besar Islam. Peningkatan kualitas ibadah pada waria dan merubah stigma negatif pada waria terjadi setelah melakukan pembinaan keagamaan. Faktor pendukungnya yaitu keseriusan waria dan keberanian serta keikhlasan pengajar dalam melakukan pembinaan keagamaan. Faktor penghambatnya dalam berjalannya kegiatan pembinaan keagamaan yaitu, sarana prasarana, tingkat usia waria, kurangnya pengajar, belum adanya kekompakkan pada waria dan adanya organisasi-oraganisasi islam yang kontra dengan berbau LGBT.