Penerapan KTSP dalam pebelajaran PAI meliputi : tahap persiapan , pelaksanaan dan penilaian. Adapun tahap persiapan langkah awal guru mengformulasikan pembelajaran itu dalam bentuk perisapan tertulis sehingga memungkinkan pencapaian tujuan pembelajaran secara optimal, seperti pembuatan RPP, memilih media dan metode , alat peraga, alat penilaian dan sebagainya.