Penelitian ini bertujuan untuk: 1) mengetahui bagaimana persepsi siswa tentang metode mengajar Rasulullah yang diterapkan guru. 2) mengetahui bagaimana kemandirian belajar siswa. 3) mengetahui bagaimana prestasi belajar PAI siswa SDN Mranggen 1 Srumbung Magelang. 4) mengkaji ada tidaknya pengaruh persepsi siswa tentang metode mengajar Rasulullah yang diterapkan guru dan kemandirian belajar terhadap prestasi belajar PAI siswa SDN Mranggen 1 Srumbung Magelang. Penelitian menggunakan pendekatan “expost facto”, dengan mengambil sampel secara proporsional random sampling. Data dikumpulkan dengan kuisioner model skala likert. Data dianalisis secara deskriptif kuantitatif, korelasi parsial, regresi linear berganda, dan uji t, serta analisis varians. Hasil penelitian menunjukkan: 1) persepsi siswa tentang metode mengajar Rasulullah yang diterapkan guru berada dalam kategori cukup baik. 2) kemandirian belajar siswa berada dalam kategori cukup baik. 3) prestasi belajar PAI siswa SDN Mranggen 1 Srumbung Magelang berada dalam kategori cukup baik. 4) terdapat pengaruh yang signifikan antara persepsi siswa tentang metode mengajar Rasulullah yang diterapakan guru dan kemandirian belajar terhadap prestasi belajar PAI siswa SDN Mranggen 1 Srumbung Magelang