Proses mekanisme transaksi murabahah pada BPRS Madina Mandiri Yogyakarta dalam pelaksanaannya sudah menggunakan sistem syariah yang bertumpu pada aturan-aturan syariah islam, seperti ketentuan yang ada pada fatwa no 04/DSN-MUI/IV/IV/2000 terkait dengan transaksi murabahah.