Pengawasan melekat terhadap disiplin kerja PNS di BAPPEDA Kulon Progo keberadaannya mempunyai andil besar dalam terselenggarakannya kepemerintahan yang baik dan bebas dari praktek korupsi, kolusi, dan nepotisme. Dalam melaksanakan pengawasan BAPPEDA sebagai aparat pengawasan intern pemerintah dalam melaksanakan fungsi pengawasan intern pemerintah mampu merespon secara signifikan berbagai macam permasalahan dan perubahan yang terjadi.