Dari hasil penelitian tentang "Problematika Matika Pendidikan Islam" yang penulis lakukan di SMK Muhammadiyah Karangmojo Gunungkidul, peneliti dapat mengambil kesimpulan bahwa problematika pelaksanaan PAI. Pada peserta didik yakni tentang rendahnya tingkat perekonomian wali siswa, perbedaan kecerdasan dan latar belakang keluarga dan lingkungan. Pada peserta didik seringnya pendidik mengeluh terhadpa akhlak peserta didik , serta kesulitan dalam menghadapi peserta didik dari IQ yang tinggi juga yang rendah.